В отличие от римских, мальтийские катакомбы являются подземными христианскими кладбищами и относятся к 100-400 гг. н.э. Вход в них расположен на улице Св. Агаты. У входа в катакомбы Св. Павла находятся каменные столы для погребальных трапез. В могилах, выдолбленных прямо в камне, захоронены один или два человека. Семейные могилы объединяли в одном месте взрослых, детей и даже младенцев. Чтобы защититься от влажности, внутренние каменные стены покрывали известняковым порошком. Позднее это место служило крестьянам для хранения зерна.

Далее по улице, за катакомбами Св. Павла находятся катакомбы Св. Агаты. В отличие от катакомб Св. Павла, с их голыми каменными стенами, катакомбы Св. Агаты украшены многочисленными фресками. При входе слева можно видеть три фрески III в., представляющие св. Агату, св. Павла и Деву Марию с младенцем. В глубине - склепы, на стенах - фрески, посвященные св. Агате.

Фрески имеют символический смысл, например, цветок, изображает вечную жизнь, пеликан - причастие. В некоторых залах в стенах вырублены колонны, другие имели дверь, чтобы предохраниться от воров, похищавших глиняную посуду, которую ставили возле могил.

Расположенный на втором этаже, над катакомбами, этот музей является одновременно музеем религии и естественной истории. Здесь представлены окаменелости четвертичного периода, драгоценные камни, глиняная посуда, утварь, кусочки посуды из драгоценных металлов, найденные в финикийских, карфагенских, римских или христианских могилах (с VIII по VI в. до н.э.), а также дары знатных мальтийцев. Другая часть экспозиции включает средневековые медали и религиозную живопись.